學院現擁有水産和生物學2個一級學科碩士學位授權點和1個漁業發展專業碩士學位授權點。水産學科下設水産養殖、捕撈學、漁業資源3個目錄内二級學科，水産遺傳育種與繁殖、水産動物營養與飼料學、水産醫學3個目錄外二級學科。在2016年全國第四輪學科評估中成績為B，2017年入選遼甯省“雙一流”學科建設名單。生物學科于2000年獲得碩士學位授予權， 2008年被評為遼甯省重點學科，2009年評為遼甯省優勢特色學科。學科下設水生生物學、生物化學與分子生物學、微生物學和生理學4個二級學科。漁業發展學科于2002年獲得碩士專業學位授權，本學科側重于研究我國北方地區内陸漁業水體和環黃渤海海洋區域的水産養殖、漁業資源、漁業裝備、疫病防控、漁政管理及休閑漁業。
