水産醫學是水産學的一個分支，主要從環境、病原和宿主三者關系入手，研究水産動物疾病的發生、發展、流行規律及防控措施，具有很強的理論性和實踐性。水産醫學又是水産養殖與動物醫學相結合的交叉學科。與傳統的畜牧獸醫、動物醫學相比，水産醫學與動物醫學采用的研究方法、理論和技術可以相互借鑒。但由于在生活環境、生理習性以及疾病發生規律等方面與陸生動物有顯著差異，從本質上決定了其顯著區别于動物醫學。水産醫學與水産學中現有的水産養殖二級學科緊密相關，其共同的目标與任務是保護水産養殖動物免受病原生物的侵害，保障水産品的健康養殖與質量安全。但在措施上水産醫學與水産養殖二級學科側重點明顯不同，強調的是通過基礎研究，闡明病原生物的入侵機制及病害流行規律，從細胞或分子水平揭示水産動物的免疫反應規律，解析環境與藥物對水産動物生命活動的影響，尋找有效的防控措施，在保障水産品安全與對外貿易、保護水産養殖環境等方面發揮重要作用。
水産醫學為我校于2016年在水産一級學科下自主設立的二級學科，下設病原生物學與流行病學、水生動物免疫學與病理學以及水生動物疾病防控理論與技術三個研究方向：
（1）病原生物學與流行病學：主要以嚴重危害我國黃渤海水産養殖的重要病原為研究對象，對其進行分離鑒定，建立主要疾病的流行病學檔案；通過組學手段，利用大數據分析平台，深入研究主要病原的緻病原理；闡明關鍵環境因子對病原感染的調控作用，揭示疫病爆發和流行的分子機制。
（2）水生動物免疫學與病理學主要研究水産動物免疫器官和免疫細胞的組成、個體發生，特異和非特異性免疫分子的基因、純化以及功能，魚類對病原的免疫反應規律；疾病的病因、發病機制，組織器官形态結構、功能和代謝等方面的改變，揭示疾病的發生發展規律，從而闡明疾病本質；研制适用于水産動物的新型基因工程疫苗。
（3）水生動物疾病防控理論與技術：主要研究水産動物疾病防控的理論，建立水産動物疾病的無公害防控技術。針對主要水産養殖動物的特點，以病原微生物緻病機理和水産動物免疫防禦理論為指導，建立病原入侵和增殖的阻斷技術及水産養殖動物免疫激活和增強技術，構建水産養殖動物病害預警預報體系和現代化養殖工業體系。
水産醫學學科在水生動物免疫學與病理學研究方向優勢明顯，尤其是海洋無脊椎動物免疫防禦的分子機制研究基礎十分雄厚，《海洋雙殼貝類神經内分泌系統分子組成及免疫調節機制機制》獲海洋科學技術一等獎，刺參病害和免疫研究曾獲海洋科學技術二等獎、遼甯省科技進步二等獎，在國内具有明顯優勢。病原生物學與流行病學以及水生動物疾病防控理論與技術研究方向立足我國北方水産養殖實際開展工作，建成了大連海洋大學水産動物醫院網上服務平台，針對主要養殖品種的重大病害問題進行預警和診療服務，利用大連海洋大學新農村發展研究院平台積極開展蝦夷扇貝病害防控訂單式服務。此外，我校于2014年獲批水生動物醫學本科專業并招生，是我國少有的同時具備水産醫學二級學科與相應本科專業的高校，這有利于打通本科與研究生教育教學環節，進行水産醫學研究生與本科教育的貫通培養。水産醫學二級學科的建設和發展，将豐富水産一級學科的内涵，創建水産醫學相關的新理論和新技術，保障水産行業健康可持續發展。
